此外，港澳办还牵头制定一部史无前例的法律。1985年7月1日，香港基本法起草..在京举行首次全体会议，之后连续工作4年零8个月，香港基本法终于在1990年4月4日七届人大第三次会议审议通过。后来经过4年多的努力，澳门基本法于1993年3月31日八届人大会一次会议审议通过。这两部基本法是小平同志“..”方针的法律化、制度化，与宪法共同构成了两个..的宪制基础。
为了1997年香港、1999年澳门顺利回归，港澳办作出历史性贡献。面对亚洲金融危机、非典疫情和国际金融危机冲击港澳地区，港澳办协调中央有关部门和地方，采取签署CEPA、开放赴港澳个人游等举措，帮助两地经济发展。这些年，为了遏制“..”分裂活动，确保“..”实践不走样、不变形，港澳办先后发表了《“..”在香港..的实践》白皮书，就行政长官普选问题作出“8•31”决定。特别是妥善处理了持续79天的非法“占中”事件，对香港局势发展起到关键性影响。
这四十年，港澳办的那些人
工作是要人干的。在“庆祝..港澳办成立四十周年座谈会上”，张晓明回忆了几位港澳办老领导的故事。
1980年3月，廖承志决定到美国做心脏搭桥手术。当时这类手术成功率不高，许多人劝他不要冒这个险。手术前，廖承志给党中央的报告中写道：“如果继续采用保守疗法，即主要靠药物维护，是不能完全治愈的……这种状况使我不能正常地工作，实际上处于长期休养状态，这是等死状态，我是绝不甘愿的。如果手术成功，将可以延长我为党工作的时间，最少五年，多到十几年。”
同样的，第三任主任鲁平1995年5月检查出患有胃癌，仍抱病完成到港澳出差的任务。在胃切除四分之三、头发因化疗脱光的情况下，他就戴顶帽子上班，站完香港回归的最后一班岗。
