在起义军长期围困下，开封城内“旧藏告尽。新麦无留”，“升粟万钱，米贵如珠”。7月以后十室九空。每天饿死兵丁几百人，百姓饿死者无数，人吃人的现象层出不穷。真是“家家炊烟绝，白昼人行断”城中酱骼山积。断发满城，天日为昏，存者枯垢如鬼，河墙下敲掇人骨吸其髓……”城内的人民群众希望义军早日打进城来解救他们的苦难，许多百姓偷偷出城投奔义军，有的守城官兵也缒城向义军投城，乞求活命。
开封顽敌眼看外援已绝，粮草已空，士气不振，人心已散，城防指丽破，守敌黔驴技穷，便想出一条决黄河之水冲淹起义军的毒计，于是派人偷渡黄河，令北岸明军架舟到南岸的黑岗口挖河。9月14日夜，秋雨连绵，河水暴涨，敌人挖河炸堤阴谋得還。赛时，堤崩水涌，巨浪排空，吼声如雷，震响百里，水头高达三丈，以一泻千里之势，淹没了义军东北弱方的阵地，万余战士壮烈牺牲。15日，洪水直冲北门，接着曹门冲塌，东门、南门相继淹没，洪水由北向南穿越而过，开封“举目汪洋，抬头触浪”，整个汴城沉入沧波。只有钟鼓二楼、周王紫禁城、郡王假山、延庆观、相国寺、上方寺略露屋脊，城墙淹没一半。山货店街、土街地势较高，没被水淹，数千人幸免得救。其他除周王，大官乘船逃脱外，全城37万多士兵、庶民，活着逃出来的不足3万。这是封建统治阶级对开封城郊人民犯下的滔天罪行。
开封的毁灭，并没损害起义军的主力。但开封既已沉沦沧波，占领它已失去意义。于是李自成转而挥戈南指，直捣襄阳，在那里建立了农民起义军的政权，并以此控制了整个中原，明末农民起义跨入了一个新的历史阶段。
注：
①1635年8月，义军以中牟县进逼开封；1636年元月，从尉氏打到注: 开封南面的朱仙镇；1639年9月义军又从杞县、中牟、祥符县(今开封县)打到开封附近的瓦子坡。
②《国榷》卷力比：“内坚外软，土坚而钢”。
③《豫变纪略》卷四④《汴围湿襟录“围城、割麦”条。
⑤、⑥、⑦《大梁围城记》。③《汴围湿襟录》。
