然而就在这一年，他的父亲钱世扬去世，按照惯例，他不得不回籍丁忧，三年丧期过后，他本应回朝补官，但当时的朝政由宦官把持，他因与东林党关系密切，长期得不到补官，只能赋闲在家，寄情山水十一年之久。
直到万历四十八年神宗驾崩，39岁的钱谦益才得以重新反朝，替补原职。补官的第二年，钱谦益前往浙江任乡试正考官，却因钱千秋关节案失察而被罚夺俸三个月，之后他告病回家。
天启四年（1624），东林党重新执政，43岁的钱谦益，以太子谕德兼翰林院编修充经筵日讲官，再回朝堂，一年后又因阉党反扑，他被削籍回家。
到了崇祯元年（1628），随着阉党魏忠贤等的伏诛，47岁的钱谦益东山再起，进入阁臣名单，参加枚卜大典，后来温体仁、周延儒以浙闱旧事攻击他，导致到歉意被整出局，削职听勘。此后他闲居家乡，以文会友，成为名满天下的东林魁党。
纵观钱谦益的政治生涯，，从他中进士，到崇祯十七年明朝灭亡，长达35年的时间里，政治上三起三落，任职时间加在一起不超过5年，5年时间里他宦海浮沉，屡经顿挫，在勾心斗角，你来我往的政治斗争中，钱谦益左支右绌，穷于应付，可以看出他并无政治手腕。
崇祯十七年甲申之变，明朝灭亡，钱谦益作为明朝遗老拥立南明王朝，为了登上相位，他不惜谄事马士英、阮大铖。顺治二年五月中旬，豫亲王多铎进兵南京，钱谦益以南明礼部尚书的身份率领文武百官前往郊外举行迎降仪式。
《贰臣传》对此记载道：“顺治二年五月，豫亲王多铎定江南，谦益迎降，寻至经候用。”受降后的钱谦益被授予秘书院学士兼礼部右侍郎，充修《明史》副总裁的闲职。投清入仕不得重用的钱谦益，很快便告病还乡，回到江南后，遭到世人的讥讽和谩骂，后来因为从事和支持反清运动，两次被清廷逮捕入狱。
《论语》中说：“大德不逾闲，小德出入可也。”纵观钱谦益的一生，在“小德”上，文学成就上，他是明末清初“领袖两朝”的杰出人物，主宰明末诗坛几十年，为清初诗坛开一代新风，他的文学著作《牧斋初学集》，《牧斋有学集》，《投笔集》等对后世影响深远；“大德”上却因为谄事南明王朝的阮大铖和马士英，又迎降清军，致使大节有失，晚节不保，惨遭一世骂名。
