然而这次远征竟以悲惨的失败而告终。在8月整整1个月期间，..军人成功阻止了由南、北两路而来的蒙古军队，使他们无法突破..人用墙垣构成的防线。元军自身的缺陷也使得..人的顽强抵抗更加有效。蒙古统帅和..统帅之间的紧张关系削弱了远征军的力量。占远征军绝大多数的..军队士气低落，根本不愿投入到这场艰苦的战斗中去。而且，他们在九州登陆以后，便发现自己处于危险境地，在受到敌人或自然灾害的袭击时无法有效保护自身免受伤害。他们驻扎在开阔地带，没有城堡、要塞或城镇作为屏障。这些屏障一方面可以提供适当的保护，另一方面也可由此向敌人发动突袭。因而，他们很少主动进攻..人。这两支军队打了差不多两个月，但双方不分胜负。
突如其来的自然灾害使得蒙古人取胜的希望彻底化为泡影。8月15日和16日，发生在东亚的典型仲夏台风袭击了九州沿岸。高丽水手觉察到风暴即将来临，于是试图把船开往公海躲避危险，但他们的努力失败了。40000名北方战士中1/3被狂风消灭了，而10万名南方部队在试图逃脱时更有一大半葬身大海。被困在九州岛的战士或被屠杀，或被俘虏，或在企图借助留在岸边的小船逃跑时被淹死。
