真菌也是被胡克置于镜片之下仔细观察的对象。胡克发现一本皮革书上长了毛，很好奇这毛是什么，就将其置于显微镜下仔细观察，发现了皮革上长出的小菌丝。此外，胡克还发现真菌是感染和破坏玫瑰植物叶片，导致其出现锈病的“元凶”。胡克从这样的观察中提出一个理论：植物或动物腐烂时会产生“一些低等的、不复杂”的生物。
这张图是人类历史上第一章真菌的插图
《显微图谱》中的诸多专题和大家熟悉的昆虫有关，例如苍蝇、蜜蜂、跳蚤、蚂蚁和虱子。
《显微图谱》中的蚜蝇插图
胡克在书中对人虱的描述相当幽默：
“这东西如此令人厌恶，躲之不及；如此肆意妄为，横行霸道；如此趾高气昂，藐视一切；它居于紫禁之巅，行事简单粗暴，不会放过一个路人的耳朵，不吸到血决不善罢甘休。”
历史上第一张虱子的裸照
