南京安全区的设想就是由米尔士提出的，在米尔士给妻子妮娜的信中提及，他设立安全区的想法是得益于上海的传教士饶神父的举动，因为饶神父在上海也建立了相似的难民保护区。1937年11月，饶家驹神父提议在上海南市划一区域接纳难民。他认为该区“不受任何形式之攻击、不设武装军队军事机关、亦不作武装的敌对活动之行为”[1]受到饶神父的南市难民区启发，米尔士向拉贝等人提议，在南京也建立一个安全区。拉贝在1938年2月28日的上海演讲中说道：“我必须向你们提及米尔士先生，正是他最先提出了建立安全区的设想。我可以明确告诉你们的是我们组织的核心就在南京平仓巷3号。感谢我的聪明的美国朋友。”[2]
南京中山北路东侧安全区
在提出这个设想后，拉贝对于南京安全区国际..这个名字提出过争议，后来，在所有人的协商下，改名为“南京国际救济..”，米尔士被当选为救济..的副主席。在确定好成员以及职务后，所有人都开始投入紧张的救济工作中。[3]
米尔士在南京安全区和南京国际救济..中是一个比较核心的存在。[4]他先是担任副主席，在拉贝离开后，担任主席，全权负责安全区和..的工作。上海的饶家驹神父为了建立南市难民区与日方交涉，米尔士也一样，从他写给家人的信件中，能体现出米尔士的这一份工作职责和他的责任感，他常常写信告诉妻子，他和其他同事和..军官交涉，让..人能够远离难民保护区，让..士兵能够绕过保护区，让他们避免对安全区的攻击：“后来拉贝、刘易斯和我一起出去想找一个官阶高一点的..军官，向他解释国际安全区以及我们在外交部建立的伤兵医院，并请求他们饶恕一些向我们缴械的士兵。”[5]“在中国住了 25年之后，与别的国家的人打交道来处理中国当地的事务还是一个崭新的经历，但别无选择。……我们和日军军官们交谈时混杂使用了英语、德语、中文和日语（和我们一起去的一个年轻白俄人会一些日语），军官们似乎很好地弄清楚了我们说的关于安全区、难民和位于外交部的红十字医院等事情。”[6]这两段是米尔士和他的伙伴一起在为建立安全区而做出的努力的记叙。在得知日军要进攻南京的消息后，他们自发筹建了国际..，并即刻开始着手安全区的建设，[7]但是建设安全区，为了避免安全区遭到炮火的袭击，就必须要先和日军军官交涉。然而双方的语言不通、理念不同都会带来沟通上的障碍，但是米尔士等人一次又一次的交涉，坚持不懈地去完成这件事，也使得安全区最后能够成立。
南京安全区示意图
