不过，有观点指出，在草案强调对土地经营权的保护的同时，如何落实承包地的所有权，还需要进一步探讨。
2016 年，党中央、..发布的《关于完善农村土地所有权承包权经营权分置办法的意见》提出，要健全集体所有权行使机制。各方对此次草案二审稿的讨论焦点在于，在 2002 年取消了土地提留后，村委会、村集体经济组织或村民小组将土地发包后，农民集体怎么样有效行使集体所有权的问题。
对此，..财政经济..委员、清华大学政治经济学研究中心主任蔡继明表示，草案二审稿第 17 条的第 4 款指出 " 承包地被依法征收、征用、占用的，有权依法获得相应的补偿 "，但国家依法征收集体土地，并不是直接征收承包户的土地，集体才有权让土地被国家征收。因此，要体现集体土地的所有权，，这一 " 相应补偿 " 就应该在发包方体现出来，要考虑到发包方的权利。
实际上，在宅基地改革的地方实践中，已有类似探索。重庆 2008 年启动的地票交易试点中就明确规定，地票价款扣除必要成本后，要按 15:85 的比例分配到集体经济组织和农户。闲置宅基地退出复垦后，集体经济组织可以获得复垦形成的耕地，和一部分现金收益，被认为充分保护了集体土地所有权。
同时，也有意见认为，草案在重新界定集体权利的概念时，应该明确所有权的定义，规定承包人应不应该向发包方承担一定的义务，承担什么样的义务，从而防止所有权的虚置。
承包地如何调整？
21 世纪经济报道记者注意到，土地承包法二审的过程中，另一大关注焦点是承包地如何调整的问题。
据了解，现行土地承包法规定，承包期内，个别农户之间承包的耕地和草地需要适当调整的，必须是在因自然灾害严重毁损承包地等特殊情形才可以进行。
