隆庆六年（1571年）五月庚戌，隆庆皇帝去世了，登基的小皇帝就是万历皇帝。张居正受到小皇帝以及太后的信任，故而，是年冬天，他就成功地打败高拱，坐上了首辅的位置。自万历元年始，直到他去世，戚继光在蓟镇的工作一直进展的颇为顺利，与之前形成了鲜明的对比。例如修建墩台一事，在隆庆年间，进展颇不顺利。到万历年间，张居正就可以直接利用自己的权利通过此事，无需议论。隆庆六年，汪道坤奉命阅示蓟辽，他回朝后建议继续修建墩台，张居正的回付十分的干脆，“增筑墩台，及别楮所云，俱如议次第行之。”再例如万历八年，，戚继光请求工部给银补造战车器械。“蓟镇总兵官戚继光为全镇盔甲战车损坏欲行修理，冲锋器械便利欲行添造，山海路车前营战车器械欲行补造。各请给银两。……但蓟昌重镇，量为酌处三次给发，以后毋得援以为例。诏从之。”
此时，张居正的权力已经很大了，不需要像过去那样，费唇舌去说服他人，以通过某种建议了，他可以直接利用自己的权力来支持戚继光的边政事业。关于张居正的施政手段，黄仁宇先生在《万历十五年》中有段精辟的论述：“他采用的方式是用私人函件授意亲信如此如此向皇帝提出建议。这些建议送到内阁票拟，他就得以名正言顺代替皇帝作出同意的批复。”这样的施政手段，大大地提高了行政效率，然而也因此他被认为是权臣，为他身后的清算运动埋下了伏笔。张居正对戚继光工作的关心以及支持，长达十六年之久。这在当时并不是个例，同时期的李成梁、方逢时、王崇古等人，也在自己的驻地长久地驻守，且取得了傲人的成就。这说明这一时期的边疆政策顺应潮流，而且当政者也是勤于职守的。
为什么张居正如此的支持戚继光的工作？首先是他的用人观：“用兵之道，全在将得其人。”只要是他认定的确有能力的将领，他就会大胆放手，让他行动不受掣肘，做出一番事业。“善于水战的戚继光，到北方主持练兵，能否胜任？……种种疑虑和非议，挡不住张居正渴求将才的决心，他甘冒风险，力排众议，重用戚继光等人，终于赢得了胜利，从此结束了北方的战争状态，恢复了蒙..民的友好往来。”张居正为了能够改善蓟镇的军事防御，积极地支持戚继光的工作。“居正尤事与商確，欲为继光难者，辄徙之去。”这段话摘自《明史戚继光传》，从这里可以看得出其实张居正与戚继光关系的非同一般。“在戚继光镇守蓟州的十六年间，蓟州一带出现了难得的太平景象，长城内外烽火不燃，老百姓们安居乐业。这既是戚继光的功劳，也是张居正知人善任的功劳。”
