元朝一直以来都是将北京作为国都，在元末时期，群雄并起，虎视眈眈。当时的局势和地理位置也是非常的有趣，朱元璋，后来的洪武大帝，位于中间地域；北上依次是“小明王”之称的韩林儿和元朝统治政府；东面是张士诚，，西面是陈友谅。之后朱元璋凭借着韩林儿这道“天然屏障”，阻挡了元朝南下，同时还要防着东西面的张、陈二人。尽管如此，朱元璋赢了，由于自己是出身于南方，所以便将国都定在了南京。
之后朱元璋为了保证北边国门的安全，于是将自己的四子朱棣送到了北边去，让他在那儿镇守国家大门。而在朱棣称帝之后，他也是明白了北京这个地方对于国家是非常重要的，所以他也是举国迁都，在北京建立了新的国都。但是这并不代表他放弃了南京，这个大明朝的起源地，所以也是保留了南京的一些行政机构，当然朱棣这个做法也是不仅于此，他还考虑到了后世的一些后路，若是后代不争气的话，北京这块国家必守之地要是丢了，也是可以逃回南京，利用那里的布置东山再起。
