1636年，孙传庭主动请缨前往陕西，剿灭农民军。他在陕西亲自组织训练了一支军队，号称秦军，也称陕军。这一只部队在孙传庭手中，成为了他攻无不克战无不胜的王牌。
这一年，闯王高迎祥从湖广北上，准备杀回陕西，却被孙传庭率领的秦军阻挡在子午谷。双方大战了四天四夜，最终以孙传庭的胜利而告终。高迎祥被俘虏，送往北京处死，而他的外甥李自成接管了他的残兵败将，成了新的闯王。
1637年，杨嗣昌奉命成为剿灭起义军的大元帅，他制定了“四正六隅，十面张网”的策略，把各路起义军分割开来，从而各个击破的策略。
在这一战略执行过程中，孙传庭兵分五路于杨家岭、黄龙山一带包围过天星、混天星的起义军，捕杀两千余人；之后又在深沟峡谷设伏，再次大败起义军；后面在潼关以南与洪承畴一起伏击李自成，这一场战役全歼李自成的部队，李自成仅仅带着17人逃离战场。
就在形势一片大好，李自成即将被剿灭的时候，清军打到边关了，孙传庭被征召回京，而这也成他悲剧的开始。
清军入关，是战是和，崇祯帝摇摆不定。兵部尚书杨嗣昌认为“攘外必先安内”，所以主和，但是孙传庭却是主战派。
正因如此，杨嗣昌在崇祯面前拼命诋毁孙传庭。崇祯是个多疑的人，他不会真的信任手下的官员。随便一点风吹草动，都可以变成他怀疑的理由，于是他下旨不准孙传庭入朝觐见。不仅如此，杨嗣昌还要把他的秦军留下来抵御清兵。孙传庭虽然坚持拒绝，无奈胳膊拧不过大腿，最后反倒把自己气得半死。
