第二年，崇祯帝要把孙传庭调到山东、河南一带主持军务，孙传庭打算跟崇祯好好聊聊，却因杨嗣昌的百般阻挠而失败，他索性称病不出。于是，杨嗣昌再一次在崇祯面前诋毁孙传庭，说他抗旨不遵。崇祯一气之下，直接把孙传庭打入天牢。
清兵扣关的时候，杨嗣昌、孙传庭、洪承畴都被召回京城。杨嗣昌坐镇北京、洪承畴被派往边关、孙传庭闲赋在家。
而远在陕西的李自成趁此机会又慢慢地发展壮大了起来，尤其是孙传庭被下狱后，很多秦军士兵对朝廷感到失望，纷纷跑回陕西加入了李自成的军队。孙传庭训练出来的无敌铁军就这样分崩离析。
阔别陕西三年后，孙传庭被崇祯从天牢中放出，后来派他回陕西剿灭起义军。只是和三年前相比，形势已经发生逆转，再加上他的秦军已经不再了，虽然他也打赢了几场战役，可惜已经无力回天了。
1643年，崇祯帝要求修整中的孙传庭主动出击，孙传庭被逼无奈，只好带着10万士卒出征。这十万人几乎算是明朝最后的精锐了。可惜的是，势单力孤的孙传庭被李自成打败，一日内被追杀四百余里。最后，在渭南撤退的途中战死沙场。
崇祯帝以为他诈死潜逃，连他的身后事都没管。
如果崇祯当初不把他调回京城，让他继续镇守陕西，李自成也许早就被孙传庭灭了；如果崇祯不听从杨嗣昌的诽谤，而将他下狱，还夺走他的秦军，李自成也不会得到三年的时间发展壮大，明军和起义军的形势也不会发生逆转；如果崇祯不逼迫孙传庭出战，给他点时间，让他修整和发展军队，明军和起义军之间的胜负还未可知。
可惜的是，这些机会，崇祯都没给，他不但害死了孙传庭，也使得李自成最后有机会挥师入尽，彻底覆灭大明王朝，崇祯在一篇绝望之中在煤山自缢而死。
