面对突然爆发的叛乱，明朝方面显得措手不及。因为当时的朝廷，已经清楚自己的卫所兵不堪大用。经过一个世纪的缓慢改革，有限的募兵队伍就成为了明军倚重的对象。他们与边区将领的家丁一起，构成了明朝后期的主要作战力量。但绝不足以做到过去卫所兵那样的覆盖率。军饷与财政保障的不均，也让不同募兵队伍间的战斗力差距甚大。
首先被派来镇压叛乱的是兵部尚书魏学曾，他麾下的部队主要来自同为边区的宣府和大同，人数也不到万人。他的第一个任务是确保叛军无法向中原腹地进攻。在发现哱拜并无此意后，便开始漫长的堡垒争夺战。叛军则因为部队数量非常有限，不足以分散防御各夺取的城关。于是在这一阶段内，他们选择节节抵抗但绝不纠缠死战。魏学曾的部队尽管不够善战，却也在缓慢的进度中逐步收复了大部分地方。
宁夏作为九边重镇 一旦叛乱就意味着防线的断裂
到1592年的5月，明军逐步推进到宁夏镇城下，形成了合围之势。然而，面对收缩兵力防御的叛军和自己精心修缮多年的城池，明军拙计的攻坚能力也暴露无遗。由于明朝长期将北方边患视为最大威胁，有限的经费都用于长城沿线的工事修筑，使得宁夏拥有了远高于大部分内地城市防御水平。在16世纪中期，明军还将刚刚仿制出来的大分部弗朗机火炮都布置在北方沿线，又让叛军的火力比进攻他们的明军还要出色。因此，魏学曾麾下兵马的围攻，根本奈何不了宁夏。
作为明军最先进的武器 弗朗机也没有什么攻城能力
这时，有人向魏学曾提议，挖开附近的黄河大坝，以便水淹宁夏城墙。但魏学曾却认为这样的做法过于不讲人道，会伤及城内的普通民众，所以没有同意。然而，无论是强攻还是招降，哱拜与对明朝失望透顶的叛军都不为所动。在朝廷的迅速剿灭压力下，魏学曾才最终同意进行水攻。
但叛军并非对此没有防备，他们同样在城市外构筑了新的堤坝，并随着水位上升而不断加高。结果，原本用于冲刷城墙的大水，开始反过来倒灌入明军的营地。同时，与叛军联合的蒙古骑兵也不时攻击明军的后方。这让围攻者不仅作战失利，自己的后勤补给也成了问题。
眼看大好局面，究竟演变成一场全面溃败。明朝方面将魏学曾撤职，换上了新任兵部尚书叶梦熊，同时抽调在东北和南方各地的部队加入围攻。其中既有..出生的将领麻贵，也有名将李成梁的儿子李如松，甚至还有戚继光留在浙江的班底和西南山区的苗人土司武装。
明朝时的宁夏城平面图
