事已至此，哱拜决心与明军谈判。但在他杀死了两位一同叛乱的主将后，没有得到任何回应。9月25日，他们在无奈中尝试了最后一搏。蒙古骑兵再次尝试了南下增援。但在早有防备的李如松和麻贵面前，不愿意损耗部落人口的他们，因作战不顺而轻易撤退。同日，宁夏城内的叛军则将少量火器半岛了城墙的箭楼中，轰击远处的明军。但他们手里的武器，同样和明军处在一个水平级上，发挥不了多达的效果。
车营+火器 是明军对方蒙古人的唯一办法
漫长的围攻持续到10月，城市的北墙被大水冲垮，整片区域被没入水中。明军则集中兵力进攻南墙，终于将失去意志的叛军击溃。哱拜和少量扈从退到了自己家中，被李如松等人团团包围。由于不敢和他们发生正面冲突，明军选择防火焚烧房屋。最终，失去全部希望的哱拜在屋子被烧毁前上吊自杀。
李如松一战成名 并被调往朝鲜作战
叛乱的平息，让明朝上下都大喜过望。李如松与麻贵又被急匆匆的调往朝鲜，对抗丰臣秀吉的日军。他们将自己在宁夏之役中采用的兵种和战法，又搬到了半岛战场。
