在朱元璋投奔红巾军之后，也因为他的能力得到认可，郭子兴将马氏许配给她为妻。在当时来看，是朱元璋捡了一个大便宜，然而历史会证明，这既是朱元璋的幸运，同时也是马氏的幸运。随着元末一系列的局势变化，朱元璋最终笑到了最后，建立大明王朝，成为开国皇帝，而马氏则成为了第一位皇后。
马皇后深得朱元璋的信任和尊敬，这是毫无疑问的。民间流传着马皇后各种故事，而从朱元璋在她死后不立皇后来看，他与马皇后的感情很深。他们是患难夫妻，相传当朱元璋被郭子兴猜忌，多次陷入绝境时，就是多亏了马皇后机智地帮助。在建立明朝的艰难岁月中，马皇后也为他笼络人心，出谋划策。在明朝初定，百业待兴时，马皇后又能劝说朱元璋以仁德治理天下，避免暴政。
因此，马皇后不光在洪武朝享有极高的地位，终有明一朝，都是极为重要的，就相当于唐朝时的长孙皇后一样。但有一点，长孙皇后有李承乾、李泰、李治三个亲生皇子是板上钉钉的，而马皇后的名下五位皇子，是不是她所生，却有着极大的争议。
在《明史》之中，懿文太子朱标、秦愍王朱樉、晋恭王朱棡、明成祖朱棣、周定王朱橚都是马皇后的儿子（高皇后生太子标、秦王樉、晋王棡、成祖、周王橚）。然而，因为明朝初年发生了靖难之役，燕王以庶夺嫡。为了宣扬他的正统地位，篡改了大量的史料。其中极有可能是将自己生母碽妃舍弃，改认马皇后位母亲，以取得嫡子的地位。
这个说法其实在明朝时已经存在，并记录在主持礼仪的《南京太常寺志》之中，而且《国史异考》、《三垣笔记》相继采纳了这个观点。特别是在1645年明朝灭亡之后，大儒钱谦益拜谒明孝陵，就发现正史中默默无闻、地位极低的碽妃神像，却排在朱元璋后妃中的第三位。这个反常的位次，正是《南京太常寺志》所提到的，也证明了该书的严谨。
