关于朱棣不是马皇后所生的观点，曾在上世纪二十年代引起了极大的争议。吴晗、朱希祖、傅斯年相继加入进来。但目前来看，学界认为朱棣时碽妃所生的观点占据主流意见。
朱棣的生母存疑，直接导致周定王朱橚的生母也不能确定。因为朱橚是朱棣一母所生，在永乐朝受尽了优待。因此，他极有可能也是一同被篡改了生母。除了和朱棣一样的证据外，还有一件事极为可疑。那就是他的幼年竟然是送给没有儿子的孙贵妃抚养。
如果是马皇后的儿子，作为嫡子又怎么会如此，要知道朱元璋有二十多个儿子，按理来说怎么也轮不到他去认孙贵妃为母。反倒是地位低下的碽妃儿子，被送给孙贵妃，才符合情理。
然而，《南京太常寺志》并没有放过其它的嫡皇子，朱标、朱樉、朱棡也被认为不是马皇后所生，而都是李淑妃的儿子。对于后面两个皇子，尚且没有什么反驳，但朱标的年龄并不符合。朱标是1355年出生，李淑妃的出生时间待考，但她的父亲李杰生于1331年。所以此处是该书的硬伤。
但是，此书写成于明朝，又是放在敏感的地方。所以，它还是有一定的可信度的。马皇后到底生了多少儿子，有没有亲生儿子，值得史料进一步的发掘。
