明朝时期，全真派世俗化倾向日益加剧，出现了沉寂状态。即使在这样的环境中他们的修道方式依然固步自封，陷入了僵化状态。
明清之际，全真派龙门派第七代传人王常月主持了全真派史上著名的“龙门改革”。修道方式有了很大的不同，在坚持性命双修，先性后命的基础上，融入了戒律的修炼方式。这一改革得到了清朝统治者的支持，因而开创了龙门中兴的局面。然而，这只是全真派史上一次小小的回流，并没有从整体上改变整个全真派的衰落。
全真派衰落的第二个原因：道众知识水平的下降
全真派创教之初，在人员的构成上有一个共同点，即他们都有较高的知识文化修养，是全真派发展壮大的重要因素。
比如其创始人王喆，出生在一个富豪之家，是一个文武双全的儒家知识分子。正因为他的这种较高的知识水平，使他具备了创立全真派的条件，因而于1167年创立了全真派，并在全真派发展过程中屡屡有所体现，或以诗歌的形式，或以实物或以图像寓意等方式进行教化，从而把晦涩难懂的修道思想加以浅显化。
另外，王喆在山东境内先后度化的七大弟子（即“全真七子”）———马钰、谭处端、刘处玄、丘处机、王玉阳、郝大通、孙不二，以及元朝时期，，全真派掌教尹志平、李志常、祈志成等人，都具有较高的文化修养。除此之外，在普通道众方面，文化知识水平较高的人比比皆是，这也是为什么全真派在元朝达到贵盛的一个重要原因。
