著名明史专家樊树志在《国史十六讲》中指出：“魏忠贤之流把凡是反对‘阉党’专政的人一概斥为‘东林党’，把原本子虚乌有的‘东林党’当作一个组织实体，开出黑名单，重演一次‘党锢之祸’。魏忠贤的亲信卢承钦编成《东林党人榜》，开列‘东林党人’三百零九人，用奏疏的形式于天启五年呈报朝廷，由专擅朝政的魏忠贤把它向全国公布，其政治意图十分明显，一方面要证明‘东林党’是一个政治实体；另一方面示意政府部门按照这个名单清除异己势力。”
《东林点将录》中认定的“东林党第三号领袖人物”，是所谓“总兵都头领、天罡星玉麒麟赵南星”。赵南星是河北人，也不是什么江南人，官至吏部尚书，在当时也是一个大官，此人主张改良政治，以挽救明朝的危亡，所以他和在东林书院讲学的顾宪成、高攀龙等人在政治上有一些共同语言，因为反对魏忠贤专权，而被列为东林党第三号领袖人物，后被下狱，流放，死于戍所。
明末著名的政治家、军事家、抗清名将、大学士孙承宗，因为不愿阿附于魏忠贤，完全不买阉党的帐，又因为手握兵权和德高望重，为魏忠贤所忌，所以也被列为“东林党人”，在《东林点将录》中被称为“地短星出林龙孙承宗”。孙承宗是河北高阳人，在对清战争中，构筑关宁锦防线，收复失地四百余里，因遭魏忠贤排挤，辞官回乡。崇祯元年，蒙召启用，重镇山海关，袭扰敌后，迫敌出塞，收复四镇，再整关宁，因部将祖大寿兵败降清而遭廷臣攻击，再次辞官回乡。崇祯十一年，清军进攻高阳，孙承宗率领全城百姓及家人固守，城破后自缢而死。
由于抗清名将、民族英雄袁崇焕曾经是孙承宗的旧部，又与所谓的“东林党人”、内阁大学士钱龙锡关系较密切，所以袁崇焕后来就也被说成是“东林党人”。
钱龙锡是松江华亭人，也就是今天的上海人，他算是真正的江南人，早年担任并没有任何实际权力的南京吏部右侍郎，后来因为得罪魏忠贤和客氏被扣上“东林党”的罪名而遭到革职，崇祯继位以后，他出任礼部尚书、文渊阁大学士，算是执政大臣之一，向崇祯皇帝举荐袁崇焕为蓟辽督师。袁崇焕下狱以后，钱龙锡遭到魏忠贤余党的攻击，说他和袁崇焕暗中勾结满清，图谋不轨，又诬陷钱龙锡煽动祖大寿叛乱，由此被判死刑，后来虽免死罪，但被长期关押，最后发配定海，南明时期被..昭雪，官复原职，不久病死。袁崇焕一案发生后，崇祯皇帝又开始疏远所谓“东林党人”，用曾经阿附魏忠贤的温体仁、薛国观等相继柄政。
