明末三大儒之一的黄宗羲，其父黄尊素，天启初任御史，因为弹劾魏忠贤而被逮捕下诏狱，受酷刑死，所以黄宗羲父子也被说成是“东林党人”。
明末儒学宗师、大书法家、铮臣、抗清殉国的民族英雄黄道周，因为在魏忠贤专权后，一贯与魏忠贤作对，后又拂衣辞官，所以也被打成“东林党人”，在《东林党籍考》中被列为第二百六十二位“东林党人”。
抗清名将熊廷弼在王化贞广宁之战惨败后被逮捕下狱，因为拿不出四万两银子向魏忠贤行贿，也被打成了“东林党”，实际上熊廷弼不仅不是“东林党”，而且还和当时所谓的“东林党人”矛盾重重，甚至势同水火。这个案子又牵扯到赵南星、杨涟等二十余名明朝官员，他们被说成是熊廷弼的党羽和包庇者，杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章六人被逮捕，这些人之前就反对魏忠贤和客氏专权，是魏忠贤早想除掉的对象，六人均受酷刑，死于狱中。又杀熊廷弼，传首九边，杖其姻亲御史吴裕中至死。尚书张问达，侍郎公鼐等五十余人被列为东林党，革职，吏部尚书赵南星等二十余人被发配，朝署一空。
那么了解了上述历史背景以后，我们应该清楚明末的所谓“东林党人”究竟是怎么回事儿了。其实《明史·宦官列传》中已经把这个情况讲的很清楚了，“（崔）呈秀乃造《天鉴》、《同志》诸录，王绍徽亦造《点将录》，皆以邹元标、顾宪成、叶向高、刘一燝等为魁，尽罗入不附忠贤者，号曰东林党人，献于忠贤。忠贤喜，于是群小益求媚忠贤，攘臂攻东林矣。”也就是说在魏忠贤专权时代，只要不阿附于魏忠贤的官员，就会被扣上“东林党”的罪名而遭到政治迫害。明末被打成“东林党”的人甚多，，他们的故乡籍贯、政治主张、道德操守各不相同，除了受到魏忠贤及其党羽的政治迫害这一共同点而外，很难说他们有什么共同的政治诉求。明末大儒黄宗羲在讲到这段历史时，曾经一针见血的指出：“东林讲学者，不过数人耳，其为讲院，亦不过一郡之内耳。京师首善之会，主之为南、少垆，於东林无与。乃言国本者谓之东林，争科场者谓之东林，攻逆阉者谓之东林，以至言夺情奸相讨贼，凡一议之正，一人之不随流俗者，无不谓之东林，若似乎东林标榜，遍於域中，延於数世，东林何不幸而有是也？东林何幸而有是也？然则东林岂真有名目哉？亦小人者加之名目而已矣。”意思是真正在江苏无锡东林书院讲学的不过是几个人，其影响力也就是在无锡境内，哪里能够搅动到远在北京的政坛风云？所谓的“东林党”根本就是不存在的组织，是政治上用来陷害人的罪名！历史不能瞎说，更不能由历史发明家来任意篡改和编造！
