2016年年初开始，公开市场操作规模及频次均有所增加，对利率的指引作用增强。受经济基本面走势不振影响，2015年下半年货币政策不断放松，公开市场7天逆回购利率也一度下调至10年来的低点达到2.25%。2015年之后，大范围的降准、降息操作逐渐减少，取而代之的是公开市场操作频率逐渐增大，其操作更加精细，对市场利率的引导作用也随之增强，并在2016年得以延续。2016年2月18日，央行宣布，为完善公开市场操作机制，提高公开市场操作的针对性和有效性，将根据货币政策调控需要，原则上每个工作日均开展公开市场操作，而此前绝大部分时间里公开市场操作在每周一、周三询价，周二、周四执行操作。除了频次增加，公开市场操作的规模也明显增长，总量由2016年的2.68万亿增长至2016年的17.91万亿。
2016年曾出现两次短端国债收益率与OMO利率倒挂的现象，一次因货币政策出现宽松且市场对政策宽松预期进一步增强所致，另一次则由避险情绪加剧及对基本面持续偏弱的悲观预期引起。一年期国债收益率与OMO利率首次倒挂出现在2016年2月至2016年4月期间。2016年2月29日万央行宣布自3月1日起普遍下调金融机构人民币存款准备金率0.5个百分点，次日，短端利率随之下行，五年期国债收益率由2.65%下行至2.62%，一年期国债收益率由2.26%下行至2.21%， 短端利率开始低于OMO利率，期间随着3个月MLF利率下调至2.5%，市场对于OMO利率继续下调的预期增强，导致利率倒挂持续了一个月左右的时间。但后来随7天OMO利率由2.25%继续下调预期的落空，一年期国债收益率重回升至2.25%之上。
2016年第二次利率倒挂出现在7月末至11月末，持续了4个月之久。而此次的情况与前次有所不同，货币政策并未出现明显的宽松迹象，但监管态度开始有所转变并且外部环境也不断变换。受英国退欧黑天鹅事件的影响，避险情绪被点燃，国债收益开启下行走势，同时随着货基新规要求流动性较好资金占比需提升至10%以上的规定正式实施，短端收益率快速下行。2016年8月开始，央行重启14天、28天逆回购，货币政策开始转向，但是受楼市限购政策出台市场对于基本面继续走弱的预期增强，债券收益率仍然维持在低位。后续随着特朗普当选美国总统全球市场风险偏好上升，叠加国内严监管拉开序幕，债券收益率开始上行。
