诸侯王国被削弱，已无法与中央相抗衡时，在中央政权机构内部又浮出了另外一组矛盾：君权与相权的矛盾。在西汉初期的政权机构中，丞相的权力很大，皇帝在很多事情上要听取丞相的意见，甚至丞相有先斩后奏和荐举的权力。武帝初即位时，丞相田虫分曾无视武帝权威“荐人或起家至二千石，权移主上”，丞相权力过大，妨碍君主的个人专制，也影响了君主“独尊”的地位，因此，武帝愤怒地说“君除吏尽未？吾亦欲除吏。”
随后，汉武帝为加强皇权，便有意让身边的近臣参与重大问题的决策，以削弱相权，这样便形成了所谓现了专制集权的加强。在文化政策上，汉武帝即位的第一个重大决策，就是“罢黜百家，独尊儒术”，在此思想基础上，置《五经》博士，大兴太学，从而使儒学成为强有力的统治工具。将汉武帝的独尊儒术与秦始皇的“焚书坑儒”比较来看，两者似乎走的是两条截然相反的路子。
但实际上二者所怀的目的是一致的。因此有学者就认为汉武帝“独尊儒术”是秦愚民政策另一种形式的翻新，只不过秦始皇的手段是刑罚的制裁；而汉武帝的手段是利禄的引诱。而相对来讲，汉武帝的手段更加高明一点，因此结果是秦始皇失败了，汉武帝成功了。可见，从秦到西汉的治国理念来看，尽管历经朝代的更替和政策的调整，但集权思想在政治实践中非但未被削弱，反而愈来愈得到统治者的认可，并且不断在实践中得到加强和完善。
